Dem Freistaat Bayern stehen zwischen 2000 und 2006 rund EURO 1.060 Mio. aus den Strukturfonds der Europäischen Union zu. Der größte Teil wird über den Europäischen Fonds für regionale Entwicklung - EFRE - zur Verfügung gestellt, der sich an der Infrastruktur- und Investitionsförderung beteiligen kann. Verwaltungsbehörde für den EFRE in Bayern ist das Bayerische Staatsministerium für Wirtschaft, Infrastruktur, Verkehr und Technologie. Ein weiterer Teil der Strukturfondsförderung in Bayern erfolgt über den Europäischen Sozialfonds - ESF - , einem Instrument der Arbeitsmarktförderung.

Der Hauptteil der Mittelverwendung aus den EU-Strukturfonds von EURO 560 Mio. erfolgt über das bayerische Ziel-2-Programm, das der Entwicklung der strukturschwachen Gebiete des Landes dient. Dieses Programm wird zu fast 90 % aus dem EFRE gespeist. Die Ziel-2-Fördergebiete Bayerns liegen mit einer Gesamtfläche von fast 41.000 km² vor allem im Norden und Osten. Sie werden in Ziel-2- Gebiete (7.000 km²) und in sog. "Übergangsgebiete" (über 33.000 km²) unterschieden, für die die Förderung 2005 ausläuft.

Bayern erhält weitere Fördermittel in Höhe von EURO 339 Mio. über das Ziel-3-Programm, das landesweit für Qualifizierungs- und Beschäftigungsmaßnahmen kofinanziert, Grenzgebieten stehen EURO 94 Mio. aus den INTERREG-IIIA-Programmen und der Entwicklung ländlicher Räume EURO 57 Mio. über das LEADER+-Programm zur Verfügung.

Die bayerische Fischereiwirtschaft wird in der laufenden Strukturfondsperiode mit 10 Mio. Euro unterstützt. Weitere EU-Strukturfonds-Mittel fließen in Rahmen der Programme INTERREG IIIB und C sowie EQUAL nach Bayern; allerdings gibt es hier keine festen Länderquoten.

Die im bayerischen Ziel-2-Programm für die Fördergebiete vorgesehenen Maßnahmen sollen die Wirtschaftskraft und die Wettbewerbsfähigkeit fördern, die Standortqualität ausbauen, den Strukturwandel bei gleichzeitiger Stärkung der mittelständischen Unternehmen unterstützen und den Einsatz neuer Technologien sowie die Entwicklung der Humanressourcen vorantreiben. Zur Erreichung dieser Ziele hat das Ziel-2-Programm fünf Schwerpunkte.